Bản phác thảo được vẽ bởi Đại tá JC Leach, chỉ huy chiếc HMS Prince of Wales, trình cho Ủy ban Điều tra thứ hai vào năm 1941. Bức vẽ cho thấy cột khói hay lửa bốc lên cạnh cột ăn-ten chính ngay trước khi vụ nổ khổng lồ phá sạch mọi thứ phía sau con tàu. Hiện tượng này được tin là kết quả của một đám cháy thuốc phóng cordite thoát ra từ các lỗ thông hơi của phòng động cơ.

Nguyên nhân chính xác đưa đến việc mất chiếc HMS Hood tiếp tục là một đề tài gây tranh cãi. Các giả thuyết chính bao gồm các nguyên nhân dưới đây:

• Một phát bắn trúng trực tiếp xuyên vào hầm đạn phía sau. Do quả đạn pháo chỉ có thể xuất phát từ Bismarck, vì Prinz Eugen đã thôi không còn nhắm vào Hood lúc xảy ra vụ nổ. Như được giải thích bên trên, giả thuyết này được đưa ra ngay sau khi con tàu bị chìm. Những nghi vấn đặt ra trước tiên căn cứ vào lời khai của những người tận mắt chứng kiến, cho rằng vụ nổ đã phá hủy Hood xuất phát từ gần cột ăn-ten trước, cách rất xa hầm đạn phía sau, mà ví dụ là bản phác thảo mà Đại tá JC Leach, chỉ huy chiếc HMS Prince of Wales, trình cho Ủy ban Điều tra thứ hai. Những người chuyên môn tận mắt chứng kiến cho rằng, những gì được thấy là sự thoát hơi, thông qua các lỗ thông hơi của phòng động cơ, của một vụ nổ hay bốc cháy mạnh, nhưng không ngay lập tức, của hầm đạn 4 inch. Vụ nổ đã làm sụp đổ vách ngăn giữa hầm đạn 4 inch và hầm đạn 15 inch, rất nhanh chóng đưa đến vụ nổ dữ dội tương tự như những gì từng được chứng kiến trong trận Jutland. Giả thuyết này cuối cùng đã được Ủy ban Điều tra chấp nhận.[80]
• Một quả đạn pháo bắn trượt rơi sớm, di chuyển dưới nước rồi trúng con tàu bên dưới đai giáp rồi xâm nhập vào hầm đạn. Trong cùng trận chiến đó, Prince of Wales bị bắn trúng một phát kiểu này khi một quả đạn pháo 15 in (380 mm) di chuyển dưới nước một quãng đường khoảng 80 ft (24 m), và đánh trúng 28 ft (8,5 m) bên dưới mực nước, xuyên qua nhiều vách ngăn nhẹ, và dừng lại trước vách ngăn chống ngư lôi mà không phát nổ vì bị tịt ngòi. Ủy ban Điều tra thứ hai cho rằng giả thuyết này không thể xảy ra, tranh luận rằng nếu như kíp nổ hoạt động bình thường, nó sẽ kích nổ quả đạn pháo dưới nước trước khi đến được con tàu. Căn cứ theo tính toán của Jurens, một trong các quả đạn pháo của Bismarck rơi xuống khoảng 20 foot (6,1 m) phía trước Hood có thể xuyên thủng mạn con tàu bên dưới đai giáp và có thể kích nổ hầm đạn của con tàu nếu kíp nổ hoạt động.[85]
• Con tàu bị phá hủy bởi một vụ nổ ngư lôi của chính nó. Theo giả thuyết của Goodall, ngư lôi của con tàu có thể phát nổ bởi đám cháy đang lan rộng trên sàn chứa xuồng, hay nhiều khả năng hơn là bởi một phát bắn trúng trực tiếp từ Bismarck. Điều này có thể làm thổi tung mạn tàu, phá hủy các trụ chống lườn tàu; lực nước tràn vào qua lỗ hổng có thể đạt đến tốc độ 30 hải lý trên giờ (56 km/h), đủ sức cắt rời phần đuôi tàu khỏi phần lườn còn lại.[86]
• Đám cháy hiện hữu trên sàn chứa xuồng lan rộng đến hầm đạn. Các chứng cứ được đưa ra cho Ủy ban thứ hai cho thấy các cửa ra vào hầm đạn 4 inch đều được đóng kín trong suốt thời gian chiến sự. Vẫn có khả năng một cánh cửa hoặc thang nâng bị mở tung do đạn pháo đối phương khiến lửa lan đến hầm đạn. Những lối vào khác khiến lửa lan đến có thể là qua lỗ thông gió hầm đạn, hoặc theo gợi ý của Ted Briggs, là qua sàn của phòng đạn pháo 15 in (380 mm).[87]
• Vụ nổ được kích hoạt bởi đạn pháo 4 in (100 mm) chất bên ngoài các hầm đạn. Được viết vào năm 1979, nhà sử học hải quân Antony Preston cho rằng các hầm đạn phía sau của Hood bị "vây bọc bởi đạn pháo phòng không 102 mm (4 inch) bổ sung ở bên ngoài lớp vỏ bọc thép của hầm đạn. Việc dự trữ đạn dược không được bảo vệ này có thể bị kích nổ bởi đám cháy trên sàn chứa xuồng hoặc một quả đạn pháo đến từ Bismarck.[88]
• Con tàu bị nổ tung bởi chính các khẩu pháo của nó. Tại Ủy ban Điều tra thứ hai, những người chứng kiến tận mắt đã báo cáo về một kiểu bùng nổ khác thường từ các khẩu pháo 15 inch của Hood, nghi ngờ rằng một phát đạn pháo đã bị kích nổ bên trong khẩu súng, gây ra một vụ nổ bên trong tháp pháo. Nhiều khả năng là dưới sức ép của trận đụng độ, các biện pháp an toàn vốn được đưa ra sau những thảm họa tại Jutland nhằm ngăn ngừa một vụ nổ như vậy lan đến hầm đạn, đã bị thất bại.[89]

Tác giả Jurens trong nghiên cứu năm 1987 đã xem xét lại một cách tường tận các giả thuyết này (ngoài trừ giả thuyết của Preston). Kết luận chính được đưa ra cho rằng việc tổn thất của con tàu hầu như chắc chắn là do việc kích nổ một hầm đạn 4 inch, nhưng có nhiều cách có thể đưa đến việc này, mặc dù ông đã loại trừ khả năng đám cháy trên sàn chứa xuồng hay việc kích nổ ngư lôi là những nguyên nhân khả dĩ. Theo quan điểm của Jurens, cách nhìn phổ biến cho rằng "đạn pháo bắn tới" đã xuyên thủng sàn tàu bọc thép của Hood là không chính xác, do ước lượng của ông về góc rơi của đạn pháo 38 cm từ chiếc Bismarck vào lúc đó không vượt quá 14º, một góc rất không thuận lợi cho việc xuyên thủng vỏ giáp ngang, bên ngoài mọi sơ đồ tính toán độ xuyên thủng đương thời của Đức. Hơn nữa, sơ đồ dựng bằng máy tính của chiếc Hood cho thấy một quả đạn pháo rơi ở góc như vậy không thể đến được một hầm đạn phía sau mà không phải trước hết xuyên qua một phần nào đó của đai giáp. Mặc khác, đai giáp dày 12-inch có thể bị xuyên thủng nếu như chiếc Hood đã xoay hết cú bẻ lái sau cùng.[90]

Một sự phát triển hơn nữa gần đây là việc khám phá ra xác tàu đắm của chiếc Hood. Việc khảo sát xác tàu đắm đã xác nhận các hầm đạn phía sau thực sự đã phát nổ. Phần đuôi của chiếc Hood được tìm thấy với bánh lái vẫn còn nguyên tại chỗ, và người ta thấy nó đang bẻ sang mạn trái vào lúc vụ nổ xảy ra. Hơn nữa, một phần của mũi tàu ngay phía trước tháp pháo A bị mất, đưa đến việc nhà sử gia, nguyên là giảng viên Học viện Hải quân Hoàng gia Britannia, Eric J. Grove cùng nhà lãnh đạo thám hiểm David Mearns tin rằng "ngay trước hoặc ngay sau khi chìm xuống nước, mũi tàu phải chịu đựng một vụ nổ bên trong rất lớn gây hư hại nặng",[91] có thể do nổ một phần hầm đạn 15 inch phía trước. Người ta cho rằng đám cháy chết người đã lan từ phần đuôi tàu ngang qua các thùng nhiên liệu bên mạn phải, do vách lườn tàu bên mạn phải của Hood "dường như bị mất nhiều nhất, nếu không nói là mất toàn bộ các tấm thép của bầu chống ngư lôi".[91]

Chứng cứ của xác tàu đắm đã bác bỏ giả thuyết của Goodall, trong khi mô tả của những người được chứng kiến tận mắt về luồng khí thoát ra từ hầm đạn 4 inch trước vụ nổ chính mâu thuẫn với giả thuyết cho rằng Hood bị nổ tung bởi chính những khẩu pháo của nó. Các giả thuyết khác được liệt kê bên trên vẫn có khả năng xảy ra.[92]